参考《中华人民共和国印花税法》第五条规定，印花税的计税依据如下：

（一）应税合同的计税依据，为合同所列的金额，不包括列明的增值税税款；……

因此，采购合同未注明增值税税额，应以合同列明的含税金额作为印花税计税依据。

《增值税暂行条例》第一条规定：在中华人民共和国境内销售货物或者加工、修理修配劳务（以下简称劳务），销售服务、无形资产、不动产以及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税人，应当依照本条例缴纳增值税。

贵司从给施工单位应付工程款中扣的违约金、罚款，不属于增值税应税行为，不用交增值税。

《个人所得税法实施条例》规定：

“第六条　个人所得税法规定的各项个人所得的范围：

工资、薪金所得，是指个人因任职或者受雇取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得。

第八条 个人所得的形式，包括现金、实物、有价证券和其他形式的经济利益；所得为实物的，应当按照取得的凭证上所注明的价格计算应纳税所得额，无凭证的实物或者凭证上所注明的价格明显偏低的，参照市场价格核定应纳税所得额；所得为有价证券的，根据票面价格和市场价格核定应纳税所得额；所得为其他形式的经济利益的，参照市场价格核定应纳税所得额。”

《个人所得税法》第九条规定：个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。

因此，依据上述规定，贵司原则上需要将给个人的租房支出并入其个人工资薪金所得代扣个税。

参考《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）文件附件一规定：“第十条 销售服务、无形资产或者不动产，是指有偿提供服务、有偿转让无形资产或者不动产，但属于下列非经营活动的情形除外：…… 

（二）单位或者个体工商户聘用的员工为本单位或者雇主提供取得工资的服务。 

（四）财政部和国家税务总局规定的其他情形。” 

因此，企业将自有住房提供给本单位员工居住，收取少部分租金，不需要缴纳增值税。

一般纳税人申报抵扣的电子发票（铁路电子客票）进项税额，在纳税申报时填写在《增值税及附加税费申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）“认证相符的增值税专用发票”相关栏次中。

提交时如出现【申报比对不通过】信息，纳税人可以根据系统提示选择【修改报表】，也可以选择【强制提交】。

对申报比对不通过类型均为“提示类”的，点击【强制提交】后，比对不通过数据会形成后台记录，但不会产生申报比对异常流程，可通过更正申报表清除比对异常记录；

对申报比对不通过类型存在“强制类”的，则需要说明具体原因并上传佐证材料，提交后会产生申报比对异常流程流转至税务人端，要注意跟踪比对异常处理情况，否则会影响发票开具。

您在确认式申报模式时，如因存在未开票收入导致销售收入与实际经营不符，应根据收入的性质点击【货物及劳务销售额】、【服务、不动产和无形资产销售额】输入框，根据实际经营情况编辑完成后，点击【确定】即可。

如需修改其他数据，点击右上方【我要填表】即可切换到填表式申报模式，纳税人可根据实际经营情况对数据进行修改。

一般情况是不能直接向供电或水务公司缴纳取得发票的，因为自来水或者电力是需要登记的，登记的户名是房主，只能通过房主缴费并取得房主户名的发票，您转给对方单位，对方可以按转售水或电给你开具发票，也可以不开发票，按实际使用数量计算分摊金额开具分割单给你公司，作为税前扣除凭证。