增值税专用发票的发票联和抵扣联丢失后，企业应怎么做账这个问题，是不少纳税人咨询的焦点。根据山东省税务局12366省级中心数据分析，这一问题的咨询量7月达442次，日均10余次；8月日均咨询量15次；截至9月23日，9月日均咨询量11次。
实务中，由于销售人员保管不善丢失发票的情况屡见不鲜。如果纳税人同时丢失发票联和抵扣联，根据《国家税务总局关于增值税发票综合服务平台等事项的公告》（国家税务总局公告2020年第1号）规定，纳税人可凭加盖销售方发票专用章的相应发票记账联复印件入账。
不过，纳税人需要注意的是，须先复印增值税专用发票记账联，再在其上加盖销售方的发票专用章，避免通过图片处理软件篡改发票相关项目，以保证发票真实性。同时，根据《中华人民共和国发票管理办法实施细则》（国家税务总局令）第三十一条规定，使用发票的单位和个人应当妥善保管发票。发生发票丢失情形时，应当于发现丢失当日书面报告税务机关。
在日常管理中，企业财务部门应建立系列管理机制，例如须设立发票管理台账，具体规范发票交接手续、流程以及追责机制；同时，规范发票开具审批流程，并在“发票开具申请单”注明经手人和具体经手时间等信息；可在合同条款中约定接收发票人，以便将追责机制落实到位。