可以。《财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号）第二条规定，纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。A公司从小规模纳税人购进农产品取得的3%征收率的增值税专用发票，用于生产13%税率的货物，符合上述规定的，可以根据规定程序，按照10%的扣除率计算抵扣进项税额。
