按照现行个人所得税法规定，合伙企业的合伙人为其纳税人，合伙企业转让股权所得，应按照“先分后税”原则，根据合伙企业的全部生产经营所得和合伙协议约定的分配比例确定合伙企业各合伙人的应纳税所得额，其自然人合伙人的分配所得，应按照“个体工商户的生产、经营所得”项目缴纳个人所得税。

财政部、税务总局、发展改革委、证监会2019年1月10日发布《关于创业投资企业个人合伙人所得税政策问题的通知》（财税[2019]8号），通知执行期限为2019年1月1日起至2023年12月31日止。《通知》明确创投企业可以选择按单一投资基金核算或者按创投企业年度所得整体核算两种方式之一，且选择后3年内不能变更。其中，创投企业选择按单一投资基金核算的，其个人合伙人从该基金应分得的股权转让所得和股息红利所得，按照20%税率计算缴纳个人所得税；按年度所得整体核算的，其个人合伙人应从创投企业取得的所得，按照“经营所得”项目、5%-35%的超额累进税率计算缴纳个人所得税。

因此，合伙企业转让股权，其自然人合伙人适用税率计算缴纳税款前，应首先判断合伙企业是否是创投企业，如果不是创投企业，自然人合伙人的所得按照“经营所得”缴纳个人所得税，适用税率5%-35%。如果是创投企业，可以选择按单一投资基金核算或者按创投企业年度所得整体核算两种方式，可以选择按单一投资基金核算（按照20%税率计算）或者按创投企业年度所得整体核算方式（按照5%-35%的超额累进税率计算），且一经选择后3年内不能变化。