跨境电商出口货物，是免征增值税和消费税的，只要货物确实出口了，香港公司人员是否在大陆不会影响免税政策的适用。具体证据链看2013年96号文件的第一条和第二条。

政策依据：

　一、电子商务出口企业出口货物（财政部、国家税务总局明确不予出口退（免）税或免税的货物除外，下同），同时符合下列条件的，适用增值税、消费税退（免）税政策：
    　1.电子商务出口企业属于增值税一般纳税人并已向主管税务机关办理出口退（免）税资格认定；
    　2.出口货物取得海关出口货物报关单（出口退税专用），且与海关出口货物报关单电子信息一致；
    　3.出口货物在退（免）税申报期截止之日内收汇；
    　4.电子商务出口企业属于外贸企业的，购进出口货物取得相应的增值税专用发票、消费税专用缴款书（分割单）或海关进口增值税、消费税专用缴款书，且上述凭证有关内容与出口货物报关单（出口退税专用）有关内容相匹配。
    　二、电子商务出口企业出口货物，不符合本通知第一条规定条件，但同时符合下列条件的，适用增值税、消费税免税政策：
    　1.电子商务出口企业已办理税务登记；
    　2.出口货物取得海关签发的出口货物报关单；
    　3.购进出口货物取得合法有效的进货凭证。
    　三、电子商务出口货物适用退（免）税、免税政策的，由电子商务出口企业按现行规定办理退（免）税、免税申报。
    　四、适用本通知退（免）税、免税政策的电子商务出口企业，是指自建跨境电子商务销售平台的电子商务出口企业和利用第三方跨境电子商务平台开展电子商务出口的企业。
    　五、为电子商务出口企业提供交易服务的跨境电子商务第三方平台，不适用本通知规定的退（免）税、免税政策，可按现行有关规定执行。