你们扣了第三方的运费，是因为第三方提供的运输服务出现了瑕疵，扣取的费用相当于服务质量造成的“折让”，因此可以不需要你们给第三方开具发票，而是由第三方在给你们开具发票时直接折扣，或者在第三方已经开具发票的情况下就由第三方开具红字的折让发票。
因此，对于运输公司会计核算也是可以按照折让进行处理的，即减少收入的确认，同时减少支出（成本）的确认。
